在不久的将来，一名年轻的网络黑客尼奥(基努-李维斯)发现看似正常的现实世界实际上是由一个名为"矩阵"的计算机人工智能系统控制的，人们就象他放牧的动物一样。尼奥在网络上查找关于"矩阵"的一切。在一名神秘女郎特蕾妮(嘉丽-安-莫斯)的引导下见到了黑客组织的首领摩菲斯(劳伦斯-费许本)，三人一起走上了抗争"矩阵"的征途。 "尼奥，你曾经作过这样的梦吗，你坚信不移的东西都是真的吗？你能从那样的梦中醒来吗？你能分辨出梦境与现实世界的区别吗？"尼奥不顾一切地想追寻"矩阵"的真相，他在梦中总是听到关于它的耳语，这是一种神秘的不可知的东西，他清楚地感觉到自己正在受它的控制。 "矩阵是什么？"尼奥不知道，但是他相信摩菲斯--这个在传说中被描绘成非常危险人物的黑客能够给他答案。 摩菲斯："没有人能够说明‘矩阵‘是什么，你只有亲自去看。" 尼奥面对着另外一个问题：他就是它吗？虽然不知道为什么，尼奥的答案就是"不是"。摩菲斯的朋友塞弗同意他的观点。而其他人则不那么肯定。 另外，还有人在保护"矩阵"，冷酷的史密斯探员一伙掌握着令人震惊的秘密。 尼奥、默菲和特莱妮必须用他们的生命对抗强大的敌人来追寻答案、寻找自我。 他们的每一步都是危机四伏......